Sau khi Khởi nghĩa Bảy Thưa (1867-1873) thất bại, bà Nguyễn Thị Thạnh (vợ Trần Văn Thành) cùng các con về trú ngụ trên nền một trại ruộng xưa (Bửu Hương các) của Phật Thầy Tây An (Đoàn Minh Huyên) tại Long Châu.

Năm Đinh Dậu (1897) [2], bà và con trai trưởng là Trần Văn Nhu (còn gọi là ông Hai Nhà Láng, 1847-1914), cho xây dựng tại đây một ngôi chùa, đến năm 1903, thì hoàn thành và chính thức đặt tên là Bửu Hương tự [3], để tưởng nhớ cha và những quân dân đã bỏ mình trong cuộc khởi nghĩa Bảy Thưa.

Trước đây, Trần Văn Nhu là người có công lớn trong việc giúp cha điều hành cuộc khởi nghĩa [4], thì nay ông tiếp tục hốt thuốc trị bệnh, tổ chức trồng dâu nuôi tằm và phát triển mối đạo Bửu Sơn Kỳ Hương (trước có tên là đạo Lành) [5].

Ngày 21-22 tháng 2 âm lịch năm Quý Sửu (1913), trong lúc tín đồ cùng nhân dân đang làm lễ tưởng niệm Quản Cơ Thành và các nghĩa binh Gia Nghị (hiệu của nghĩa quân Bảy Thưa), thì quân Pháp từ Châu Đốc kéo vào Bửu Hương tự vây ráp, bắt người và đốt chùa, vì họ sợ sẽ nổ ra một cuộc khởi nghĩa mới. Trần Văn Nhu, nhờ người con nuôi là Trần Văn Chánh, cõng chạy thoát.

Sau đó, thực dân Pháp lập tòa tiểu hình tại Châu Đốc, gán 56 người bị bắt vào tội tham gia Hội kín Nam Kỳ, trong số đó có 20 người bị kết án đày ra Côn Đảo[6].

Bị truy nã gắt, Trần Văn Nhu phải lẩn trốn nhiều nơi và mất tại Trà Bang (Rạch Giá) ngày 25 tháng 3 âm lịch năm 1914, hưởng thọ 67 tuổi. Về sau, di cốt ông được cải táng trong khu mộ của dòng họ, gần Đền thờ Quản Cơ Thành (tức Bửu Hương tự xưa) [7].

Năm 1938, Trần Văn Tịnh, một đệ tử của ông Nhu, đã đứng ra vận động để xây dựng lại đền thờ tại nền cũ, lợp ngói, xây tường gạch, cột gỗ, nền lát gạch rất khang trang và rộng rãi.

Năm 1947, lực lượng kháng Pháp từ chùa kéo ra tiêu diệt một đồn Pháp tại xã. Năm sau (1948), quân Pháp kéo đến khủng bố và đốt đền một lần nữa [8].

Năm 1952, nhân dân quanh vùng chung góp tiền của, công sức xây dựng lại đền khang trang như ngày hôm nay (lễ lạc thành ngày 11 tháng 9 năm 1954) [9].